Jak z tohoto líčení bylo patrno, situace vzniklá po jarním sněmu r. 1527, ohrožovala podstatně spořádaný chod berní správy. Prvním úkolem berní správy u daně ze jmění, nebylo-li sněmem výslovně prohlášeno, že zůstává v platnosti minulý odhad majetku, bylo provedení tohoto odhadu, čili zjištění daňové základny pro nové zdanění. Podle prvých náběhů vykonaných v tom směru na jaře 1527, vypadala situace tak, že příslušníci panského stavu budou svá přiznání skládati přímo svým nejvyšším berníkům na hradě Karlštejně, rytíři krajským berníkům, které si na krajských sněmech zvolí, měšťané pak svým purkmistrům, kteří je odešlou purkmistru Starého města Pražského. Změna, která nastala v červnu 1527, způsobila potom, že po čtyři roky, nejen rytíři, ale také páni své přiznávací listy odváděli krajským berníkům, kteří r. 1527 pořizovali podle nich jednotná a v letech 1528--31 zvláštní odhadní registra pro stav panský a zvláštní pro stav rytířský, neboť v těchto letech již berně panská a berně rytířská netvořily jeden fond, jak tomu bylo u berní r. 1527.

Jak vypadaly přiznávací listy, jež měli odváděti krajským berníkům jednotliví poplatníci, nevíme. Bylo písemné přiznání pod pečetí povinné jako r. 1523, či bylo možno učinit krajským berníkům také jen přiznání ústní? Druhá možnost se zdá pravdě podobnější, sluší se tak aspoň domnívati z ustanovení, že nedostal-li někdo přiznávacího listu a ani se osobně na krajský sjezd nebo před berníky nepostavil, musil bez práva na odvolání přijmouti odhad, jejž tito sami o jeho jmění učinili. Z této doby nezachovala se ještě krajská odhadní registra, stejně jako neznáme současných odhadních register městských. Celozemská šacovní registra pak ani vzniknouti nemohla, neboť nebylo jednotné berní správy jako v letech minulých. Pouze královský mistr komory, jenž vybranou berni, respektive dluhopisy královské na ni od stavů skládané, přijímal, měl o ní vedena registra účetní, jichž potřebovala Česká komora k likvidaci starých zeměpanských dluhů.

Jednajíce o přiznáních, musíme si také uvědomiti, že v prvním roce, totiž 1527, nešlo o jednotnou berni, nýbrž o několik druhů berně, při čemž na každou podával se zvláštní list přiznávací, tedy u berně korunovační zvláštní list na berni z hlav, jejž aspoň ve městech bylo lze revidovati pomocí matrik měšťanů a obyvatelů, a zvláštní přiznání o poddanských úrocích, jež bylo lze kontrolovati předložením urbářů. přiznávací listy i vybraná korunovační berně od stavů vyšších odvedeny byly nejvyššímu úřadu berničnému, městské však měly zůstati na radnici Staroměstské, až by král o berni požádal, načež měla být účtována v úřadě mistra komory, kamž dostala se tedy také její šacovní registra. V polovině srpna však místo rentmistrovského úřadu ujala se shromažďování zmíněné berně sama Česká komora, která rozkázala - toho slova pro intervenci komory užil ve svém listě podkomoří Vilém z Vřesovic - podkomořímu a hofrychtéři měst královských, aby objeli královská města a korunovační berni z hlavy v nich vybrali. Po omluvě hofrychtéřově opatřil tento úkol podkomoří s písařem komorním [archiv min. vnitra: St. manip. S. 15/8, fol. 2]. Výsledek, vzhledem k sporu s krajskými berníky, nebyl valný, ale podkomoří kromě peněz poslal potom České komoře také výtah toho, "co nyní táž města králi J. Mti platí a co a proč neplatí, abyste se s tím dále ráčili spraviti".

Pokud šlo o "tureckou pomoc", bylo podáváno jednak přiznání z nemovitého jmění a té části movitého, jež z přiznání nebyla výslovně vyňata, jednak přiznání o velikosti kapitálu, totiž peněz rozpůjčených na úroky. Zvláštní přiznání pak přikládali ještě ti, kdo měli jako své poddané židy, neboť židé, dodatečně po sněmu, byli zdaněni rozhodnutím královým, formou komorního mandátu [V. Pěšák: Dějiny královské České komory od r. 1527, Praha 1930, Sb. A. M. V. III., s. 174]. Organisace židovské berně stala se zvláštní složkou české berní správy prvních let Ferdinandových.

Židovská berně, stanovená na 5000 zl. pro celou diasporu v království, v městech královských i pro židy panské, vyhlášena byla teprve v květnu. Zatím však přitáhly židy, jako své poddané, k placení berně korunovační a leckde i turecké, vrchnosti šlechtické, ale i městské obce zvykly si dívat se na své židy jako na svoje poddané a rovněž s nimi počítaly v berním rozvrhu. Nyní však Česká komora prohlásila židy za své "otroky" a pokusila se vzíti je z berní pravomoci jejich vrchností. Současně vyzvala pražskou židovskou obec, aby jako hlava všech židů v království, provedla revisi židovského katastru, jejž spravovala, aby tak měla výstižný obraz příslušnosti židů pod jednotlivé vrchnosti. Pro odpor vrchností i královských měst v čele s Prahou však židovská berně až do podzimu 1527 neučinila žádných pokroků. Vrchnosti zakazovaly svým židům činiti jakákoliv přiznání vůči židovským starším pražským a protestovaly u krále proti zasahování jeho úřadu do svého vrchnostenského práva nad poddanými [Pešák v citovaném svém pojednání uvádí řadu dokladů]. Teprve, když v listopadu 1527 podařilo se České komoře příměti Pražany, že uznali její stanovisko ve věci židovské berně, mohli se pražští židovští starší domoci jisté pravomoci aspoň nad židy v královských městech.

Nicméně soupis židů, který mohli podle došlých jim přiznání sestaviti, byl velmi mezerovitý a tím obtížnější a nepříjemnější byl druhý úkol, který jim komora nadiktovala, totiž - vypracování berního rozvrhu. Pražští starší jej rovněž provedli, ale narazili na nemenší odpor šlechtických vrchností než při výzvě o zaslání přiznávacích listů. Kolem nového roku 1528 platili předepsanou berni přece pouze židé z Prahy a z královských měst, kdežto panští židé zůstali mimo kompetenci svých pražských berníků. Vybranou berni a registra odevzdali židovští berníci České komoře a nikoliv berníkům městského stavu, totiž pražským purkmistrům. Česká komora trvala tedy na soukromoprávním charakteru židovské berně.

Než vraťme se znovu k vlastní činnosti stavovských berničných orgánů. Krajští berníci, spravující berni obou vyšších stavů, zpracovali přiznávací listy, jež u příležitosti krajských sjezdů i během svých úředních dnů vybrali, a odeslali je nejvyššímu berničnému úřadu, složenému ze dvou pánů a dvou rytířů - r. 1527 na Karlštejn, v letech následujících na Pražský hrad. Nejvyšší berníci podle těchto krajských šacovních register vypracovali berní předpis pro jednotlivé kraje, neboť paušální sumu na stav připadající musili rozvrhnouti na jednotlivé kraje podle jejich únosnosti. Do přiznání byl pojat nejen vlastní majetek šlechtický, ale také majetek poddaných, na němž měla vrchnost jen tak zv. vrchní právo, a sice počítán neodděleně. Není dost jasné, zda nejvyšší berníci prováděli rozvrh jen na kraje jako celky, kdežto repartice na jednotlivé vrchnosti připadla berníkům krajským, či zda již v těchto letech nejvyšší berníci vypracovali rozvrh na všechny jednotlivé poplatníky. Případ druhý je pravděpodobnější. Elaborát, jenž obsahoval tento výpočet, nazýval se krajské berní registrum a sloužil k vlastnímu přijímání a vyúčtování berně s poplatníkem, jehož plat v registru byl poznamenán a jemu samému kvitován od krajských berníků, jestliže oni sami berni přijímali, nebo od nejvyšších berníků, jestliže se berně zasílala jim, jako se dalo v těchto letech, kdy funkce krajských berníků byla omezena jen na sebrání přiznávacích listů k berni.

Podobně tomu bylo také u stavu městského. Berní přiznání jmění obecního i zpracované přiznání jmění měšťanského, snad spolu se soupisem fatentů, posílali purkmistři královských měst svému stavovskému nejvyššímu berničnému úřadu na Staroměstské radnici, jenž podle těchto přiznání berni mezi města rozvrhl. Do tohoto rozvrhu vkládal nejvyšší berní orgán městského stavu již jistý poplatek, jenž měl sloužiti k úhradě jeho kancelářské režie a odměn úředníkům [tento příspěvek vzbudil r. 1533 odpor některých měst a česká komora použila ho k ráznému útoku proti berní samosprávě městského stavu, usilujíc zmocniti se přímé správy aspoň této části české stavovské berně. Doklad o tom zachoval se v AM V. v Staré manipulaci S 15/13 fol. 21-24. Komora 3. dubna žalovala králi, že berničný úřad Staroměstských Pražanů se neosvědčuje, neboť repartice berně není prý rovnoměrná a některá města si stěžují, že Pražané zavedli si r. 1528 ve svůj prospěch zvláštní přirážku. Na berni r. 1528 dluží prý třetí stav ještě 2200 čes. kop, ale pro vadnou repartici nemohou Pražané sděliti ani, kolik dluží sami a kolik jiná města. Pražané prý sice tvrdí, že dostali od p. Adama z Hradce blahé paměti a pana podkomořího jako zmocněnců J. Mti krále právo na "nachlass", to se však stalo teprve r. 1531 a nemůže se proto vztahovati na berni r. 1528 a daň z r. 1531 král později celou propustil stavům. Komora sděluje králi dále, že se obrátila na podkomořího, aby v tom u měst zakročil, ale berně že zůstává dále nevybraná, takže mistr komory musil si na svůj majetek vypůjčit 1800 kop, aby mohl provést některé nutné platy a tato jeho částka je splatná nyní o sv. Jiří. Přijdou však i jiné povinné splátky, na něž nebude do sv. Jiří peněz. Závěr dlouhé žaloby vyzněl v požadavek odstranění městského berničného úřadu a podřízení královských měst ve věcech berně České komoře, která by prováděla repartici bez "praktik" a v čas a řádně peníze vybírala]. Podle všeho však nedohodl se dříve s jednotlivými městy o jeho výši, nýbrž spokojil se souhlasem nejv. kancléře a podkomořího, což r. 1533 vedlo k sporu v městském stavu.

V jednotlivých královských městech svěřovala městská rada berničnou agendu dvěma konšelům, kteří měli na starosti vypracovávati odhady obecního jmění, k čemuž pořizovány bývaly jeho inventáře a ložní registra, i přijímati přiznávací listy jednotlivých měšťanů, z nichž pořízena měšťanská odhadní registra, která byla posílána nejvyššímu berničnému úřadu na Staroměstské radnici, jenž podle nich prováděl rozvrh kontingentu, připadajícího na města. Také v pražských městech byly vlastní městské berní správy, složené ze dvou konšelů, odlišné od stavovského městského berničného úřadu. Tyto konšelské dvojice řídily i různé příležitostné sbírky v králův prospěch, účtujíce se čtvrtními výběrčími. Také odhad prováděl se podle čtvrtí. Z r. 1537 zachoval se zápis takového odhadu v pražské novoměstské "Liber memorabilis" [archiv hl. města Prahy: Rkp. 332, fol. 58]:

Úhrnem tedy 23.438 kop č. jmění obecního a 122.556 kop 48 gr. č. jmění měšťanského; dohromady tedy 145.994 kop 48 gr. č. Staré město Pražské přiznalo současně obojího jmění 198.300 kop č.

Časté opakování berně, do Ferdinandovy doby neobvyklé, byť výsledek její pro krále byl stále velmi špatný, takže nelze mluviti o neobyčejném přetěžování berní, jak někdy již pro tuto dobu bývá zvykem, dělalo berní povinnost vrchnostem, lidu i měšťanům velmi nemilou a krále neoblíbeným. Tak v Praze již r. 1532 musila usnésti novoměstská rada artykuly proti těm, kdo se přiznání k berni vyhýbají [archiv hl. města Prahy: Rkp. č. 989, fol. 351]:

"Item poněvadž těchto časuov berně a pomoci častější bejvají nežli jiných časuov a let předešlých a lidé velmi neradi dávají, ani jsúc obesláni, nejdu a tak osoby na ty šacunky zvolené obtížnost dlouhým sedáním jmají a skrze nepořad k témuž šacunku se věc, ješto spěšnějšího opatření potřebuje, protahuje, z těch příčin, kdožkoliv by byl obeslán, aby šel a pakliby kdo nešel a tím zoumyslna prodlíval, tedy že bude skrze rychtáře jakožto právo zamykáno." Kdyby si prý postižený potom svůj dům odpečetil porušením úřední závěry, bude trestán na hrdle. Jak patrno z drakonického opatření, musilo vyhýbání se odhadu býti zjevem velmi rozšířeným a sabotáží značně účinnou, neboť berní orgánové byli nuceni obcházeti stále znovu a znovu svůj obvod a práci nemohli v berním termínu ukončiti. Cílem zapírání se poplatníků bylo znemožniti doručení obsílky, neboť, jakmile kdo třikrát obeslán, se nedostavil na radnici k odhadu, vydán byl nebezpečí, že jeho odhad provedou konšelé sami.