Počínajíc r. 1560 nastal prudký pokles výnosu odhadové berně. Suma přiznaného jmění tenčila se rok k roku o 6 až 7 procent a skutečný výnos za odhadnutým zůstával nikoliv již, jak bývalo v letech čtyřicátých a počátkem let padesátých, o 10 procent, nýbrž o dvacet, třicet, ano i čtyřicet procent. Vyšší stavové postavili se do oposice proti staré zavedené berni. Vadilo jim na ní především, že musí platiti daň také z přímého svého majetku. R. 1564 řekli to králi na sněmu otevřeně: Není prý jim tajno, že jsou jediní, kteří ze všech okolních zemí dávají svůj majetek zdaňovati pravidelně.

Protože tehdy chtěli na místo nenáviděné berně postaviti systém berní z prodejů, tak z v. třicátek, jenž se tak špatně osvědčil v letech 1534-35, propadli a byli donuceni přijmouti znovu berni odhadní. Tím však byla berní reforma pouze odsunuta, neboť šlechta sáhla potom k otevřené sabotáži. Suma odhadu klesla z někdejších 8¹/₂ milionu čes. kop na 4 miliony, ačkoliv ještě rok před tím činila skoro 5¹/₂, a proti preliminari 47.526 č. k., jenž byl vzat ze sumy přiznaného jmění, stál skutečný výnos pouze 19.211 čes. kop, z nichž ještě 12¹/₂ tisíce zaplatila města královská [srovnej předcházející tabulku].

Pro válečné nebezpečí v Uhrách prodloužil sice sněm r. 1565 berni ještě o rok, ale na sněmu, jenž se sešel r. 1567, nepodařilo se ji již králi udržeti. Stavové šlechtičtí měli proti královské proposici připraven návrh svůj. Cílem jeho bylo osvoboditi vlastní majetek a všecek svůj důchod od berní povinnosti, kteráž měla napříště doléhati jen na poddané a královská města. Šlechtický návrh nebyl ničím novým, byla to jakási analogie starobylé berně lánové, zhoršené ještě o to, že nešlo o výměr berně z lánu polností, nýbrž o berni z domu, ať měšťanského nebo poddanského a po jistém smlouvání také šlechtického, ale jen v královských městech. Dům sice symbolisoval hospodářství, ale hospodářství byla různě veliká a různě výnosná. Čtvrtláník měl dům stejně jako dvouláník, měšťanský dům na náměstí s několika obchodnickými sklepy a řemeslnickými dílnami byl dům a dřevěný baráček na předměstí byl rovněž dům. Bylo zřejmé, že při nové berni bude vše záležet na její repartici.

Repartice byla uložena berní vrchnosti, tedy radě královského města a panské kanceláři na patrimoniu. Každý dům ve městě platil teoreticky stejně, podobně každý hospodář na vsi, v praksi platil však každý jinak podle složité repartice, kterou berní vrchnost musila prováděti, hledíc splniti znění zákona "aby bohatší chudšího zastoupil". Nový systém berně otvíral pochopitelně dokořán dveře libovůli panských hejtmanů a městských radních. Nikoliv již zákon sněmem přijatý, jak tomu bylo dříve, nýbrž teprve oni rozhodovali fakticky o výši zdanění poplatníků. A i když vždycky neuplatnila se předpojatost a zlá vůle, přece základní předpoklad spravedlnosti berně, totiž její poměrnost, jen těžko a nedokonale mohl se prosaditi, prostě proto, že nebylo lze při tehdejší neznalosti statistického měření, správně zhodnotiti výnos jednotlivých "domů".

Ještě před dvaceti třemi roky, když za porad s rakouskými sněmovními delegacemi tyto navrhovaly Čechům, aby se přiklonili k jejich zdanění poddaných berní lánovou, čeští páni a rytíři odmítli, s poukazem na nepoměrnost, jež se v ní uplatňuje dokonce dvakrát; jednou tím, že se vypouští ze zdanění celý dominikál, po druhé že měří se podle míry, jež nevyjadřuje ani skutečné majetkové a tím méně již důchodové poměry jednotlivých zdaněných. Nyní se však již dali vésti jen snahou uniknout ze zdanění svým přímým majetkem a svým důchodem a převrhnout celou výši berně na stavy ostatní.

Čeští páni a rytíři nabídli králi, že budou odváděti napříště z každého poddanského domu po 15 gr. č., při čemž podruzi a čeládka, která se na mzdu jedná, bude povinna svým hospodářům přispívati jedním grošem z každé kopy mzdy nebo 2 gr. z nájmu [S Č. III.]. Protože prý města královská jsou komorou královskou, musí je král přidržeti k tomu, aby z každého domu ve městě platila po 2 kopách čes. gr. a tolikéž, aby nové daně platili dvořáci a svobodníci. Po delším jednání král svolil, města přiměl platiti 1¹/₄ kopy čes. z domu, šlechta povolila daň také ze svých domů v král. městech a kromě toho svolila berni z kapitálu a to ve výměře 0,5%. Stavové vyšší vyvázli tedy ze zdanění takřka úplně.

Králi namluvili, že nová domovní berně vynese 150 až 180 tisíc míš. kop, takže s doplňující berní z kapitálů a s posudným docílí se 120 tisíc čes. kop. Skutečnost musila potom přinést šeredné rozčarování, když po přiznání se zjistilo, že počet selských poddaných činí 131.176, počet městských domů 12054 a panských domů ve městech 53 [AMV. St. manip. S 15/2-II.], takže preliminář sliboval pouze 65¹/₂ tisíce míš. kop z vesnic a 30.268 míš. kop z měst čili dohromady necelých 96 tisíc míš. kop, tedy něco více než polovinu toho, co šlechtičtí stavové předpokládali. Od preliminare bylo ovšem ještě daleko ke skutečnému výnosu.

Novou základní berni doplňovaly vedle zmíněné již berně z kapitálu ještě osobní berně: farářů z far po 20 gr. č., nápravníků, svobodníků a dvořáků po 2 kop. gr. č., daň židovská a to od židů starších 10 let 48 čes. gr., mladších 20 gr., a ovšem posudné ve výši 4 gr. z věrtelového sudu piva. Podruzi a čeládka přispívali též osobní daní, ale pouze svým domácím pánům k jejich berní povinnosti.

Česká šlechta dosáhla pro sebe velikého úspěchu za cenu poškození královského důchodu především a za cenu vyššího zatížení měst. Král, který již r. 1547 rozdrtil moc král. měst a hmotně je ochudil, znovu přiklonil se na stranu šlechtické oligarchie, domnívaje se patrně, že za tento hmotný úplatek bude se mu v království pohodlněji vládnouti. Ačkoliv správně konstatovala česká šlechta, že usilujíc zbaviti se berní povinnosti z vlastních důchodů, následuje jen vzorů okolních, přece prosazení tohoto programu svědčí, že ani ona nevymykala se z rámce obecných snah renaissanční aristokracie, spatřující ve své berní privilegovanosti přirozené právo. Padesátiletí uplynulé od r. 1517, kdy prvně svolila berni ze jmění, podstatně proměnilo její politický a ideový charakter. Myšlenky husitské reformace byly v ní již znamenitě překonány.