Nepřímé daně, totiž sbírky z prodejů, podléhaly rovněž pravomoci nejvyššího stavovského berničného úřadu. Povolovány byly za účelem úrokové a úmorové služby domácího zeměpanského dluhu, takže všichni tři stavové, především ovšem bohatí magnáti, královská města a zámožní měšťané, kteří byli předními královými věřiteli, měli na jejich zdaru bezprostřední zájem. R. 1587 povoleny byly na pět roků po sobě za výše zmíněným účelem, r. 1593 byly obnoveny k splacení jistiny 100 tisíc tol., jež v létě minulého roku půjčili panovníkovi nejvyšší čeští úředníci. R. 1596 byly zase obnoveny, ale tentokráte sloužil jejich výnos hlavně úmoru starších dluhů vojenských.

Když r. 1595 byly zřízeny krajské berní úřady, byly příštího roku také prodejní berně vzaty z přímé správy nejvyšších berníků, s nimiž měly jednotlivé berní vrchnosti vyúčtovávati a podřízeny správě krajské. Hlavní organisace a výběr jejich zůstával ovšem dále na starosti vrchnostenské kanceláři a městským radám. Některé z těchto konsumních berní měly správu jednoduchou, u jiných bylo třeba rozvětveného zřízení a vzájemného vyúčtovávání, takže správu samu nebylo lze opatřit bez značné režie.

Velmi jednoduchá byla správa sbírky z prodejů ryb, jež byla vybírána pouze od velkých dodavatelů, pravidelně pěstitelů, jimiž byly šlechtické a městské velkostatky, tedy přímí kontribuenti [Srv. SČ. IX. ]. Ti podávali o ní přiznání na speciálních přizná vacích listech dvakrát do roka berníkům krajským. Sbírky z mas, vína, sladkého pití a páleného měly organisaci celkem analogickou jako v starších obdobích. Každá vrchnost šlechtická, král. hejtmane i purkmistři měli naříditi dvě důvěryhodné osoby všude v městech, městečkách i na vsích, kde by měli řezníci krámy, nebo se šenkovalo víno nebo pálila kořalka, vzíti je v přísahu a uložiti jim, aby s cechmistry řeznickými a jinými podle jejich register vybíraly každého týdne sbírku z tržby za týden minulý. Na vsích měly vést v patrnosti hlavně prodej hovězího, koňského, skopového a vepřového dobytka. O příjmu musili vésti rovněž registra a podle nich pak měsíčně činiti počet se svou vrchností (hejtmanem, purkmistrem). Ti pak podle stanovených termínů činili přiznání krajským berníkům a vybrané peníze jim odváděli. - Šlo-li o sbírku z páleného, musil výrobce výběrčím pálení ohlásiti a ti měli právo přijíti a vyměřiti nádoby. Židé panští a ve venkovských královských městech platili sbírky (z obchodů s kořalkou, zlatem, stříbrem, drahými látkami, kožešinami) ustanoveným výběrčím, židé pražští měli výběrčí vlastní.

Sbírka z krámů setkávala se leckdes s prodejními sbírkami. Obchodník platil sbírky z prodeje zboží, ale kromě toho ještě z krámu - ovšem jen v městech hrazených. Šlo ve skutečnosti nikoliv o daň z krámů, nýbrž o daň výdělkovou, což plyne jasně z tohoto ustanovení: "...na všechny krámy domácích i dvorských kupců, všelijakých řemeslníkův a handléřův, ano také i těch, kteříž krámův nemajíc, ty, kdož sladká pití šenkují" atd. [SČ. IX. ]. Výměr daně prováděli krajští hejtmane a primasové městští, v Praze zvláštní komise, v níž byli zástupci všech tří stavů.

K těmto sbírkám, jež podléhaly správě dvou radních osob k tomu ustanovených, náležely také kostelní sbírky. Při každých nedělních bohoslužbách obcházel kostelník s pokladnicí a vybíral dobrovolné příspěvky věřících. Klíč od pokladny měl farář a kolátor. Výtěžek její byl určen na zraněné a nemocné vojíny.

Sněm r. 1601 opakoval znovu články o organisaci sbírek, neboť tehdy přibyla nová, totiž z mlýnských kol; "hledělo se" při ní k vrchnostem, jež pojímaly ji do přiznávacích listů a výnos z ní odváděly krajským berníkům; z měst pražských výtěžek šel prý přímo nejv. berničnému úřadu. Analogicky jako sbírky z prodejů spravována byla také sbírka z prodeje vlny, kterou vybírali ustanovení výběrčí a vrchnosti odváděly krajským berníkům.

Když sněm r. 1601 svolil také sbírku z vývozu dobytka ze země, čili zvláštní stavovské vývozní clo, nepodřídil jeho správu svému nejvyššímu berničnému úřadu, nýbrž ponechal je králi, jenž měl sám "jisté osoby voliti, aby je na pomezí vybíraly", ale výtěžek jeho přece musil býti odveden nikoliv rentmistru České komory, kamž plynulo země-panské clo, nýbrž nejvyšším berníkům [SČ. X. ].

Také sbírka z komínů byla r. 1601 znovelisována a sice tak, že ji měli platit všichni kromě poddaných, nikoliv však ze skutečných komínů, "anobrž kolikkoliv ohňův pod ním se topí, každý oheň za komín počítajíc". Nájemníci (podruzi a pokojníci) měli svým domácím na tuto sbírku přispívati. Současně nařízen byl také nový soupis židovských domů.

Sbírka 10% z ceny prodaného přepychového zboží neměla se vybírati teprve při jednotlivém trhu, nýbrž okamžitě při dovezení zboží do Ungeltu, kdež ustanoveny byly radou staroměstskou k tomu účelu dvě přísežné osoby. Musili se jí podříditi i dvorští obchodníci.

Sněm z r. 1601 zajistil se vůči nejrůznějším nedostatkům složité této berní organisace tím, že ustanovil, že "nejvyšší úředníci a soudci zemští mají plnou moc od sněmu cokoliv v tomto řádu sbírek měniti a zlepšovati". Sněm r. 1605 pojal pak do svých usnesení přímo artykul nazvaný "O dání moci nejvyšším úředníkům a soudcům zemským k nařízení z strany zbírek", v němž se ustanovovalo, že kdyby cokoliv strany těch sbírek na soud zemský bylo vzneseno a v čem by jaké nápravy potřebovalo, nebo kdyby se nějaká proměna s nejv. nebo krajskými berníky stala, mají nejvyšší úředníci nebo celá královská rada právo "to v lepší řád uvésti, a to nařízení jich tak stálé a pevné býti má, jakoby to sněmem nařízeno a sneseno bylo" [SČ. XI.]. Obdobná ustanovení, nikoliv však v té šíři a všeobecnosti vložena byla již také do artykulů sněmu r. 1597 a 1602.