Královským městům přibyla nová berně hned v prvním roce turecké války. Byla s nimi ujednána r. 1593 reluicí 18¹/₂ tisíce čes. kop, jakožto ekvivalentem stavovské sbírky z měšců vlastních podle počtu jejich poddaných. Stavové platili ze svých měšců za každého poddaného po půl kopě; podle toho měla by bývala královská města 37 tisíc poddaných, což jest číslo takřka sedmeronásob převyšující skutečnost. Taková byla tedy šlechtická spravedlnost. Než tím ještě městský příspěvek na tureckou válku nebyl vyčerpán. R. 1595 postiženi byli poddaní zvláštní sbírkou na udržování "české defense" a když ta pro překážky se strany Slezska a Lužic skutečností se nestala, tedy prostě na vydržování nájemného vojska v Uhrách. Platili po šest měsíců v roce po 6 gr. č. Jestliže r. 1593 města královská při berni z měšců svých vlastních byla zařaděna mezi vrchnosti a platila za své poddané, r. 1595 započtena byla šlechtickými stavy zase mezi poddané a platila na vojsko znovu, individuální sbírkou, jako poddaní všech vrchností, ale o taxe dvojnásobné. Městská berní správa měla tedy již na samém počátku turecké války dost úkolů.

Městský ekvivalent daně z měšců vlastních, zavedený r. 1593, rozvrhoval staroměstský primas na schůzích s městskými posly, konaných u příležitosti zemských sněmů a soudů, nebo i jinak na zvláštní pozvání. Venkovská města usilovala pravidelně o nové šacunky za účelem zjišťování nového pořadí zámožnosti a přeřazení v dělbě společného kontingentu, ať berně domovní, nebo nyní nové reluice, jež byla vlastně 150% přirážkou k reluované domovní berni. Staroměstští hájívali často udržení stavu právě platného a proto bývali venkovskými posly napadáni pro konservativismus.

Pražský berničný úřad třetího stavu pamatoval při rozvrhu jistou přirážkou nejen na krytí režie, ale také na získání určitého fondu, z něhož by mohl poskytovati úvěr, neboť zejména chudší král. města nebývala vždy přesnými poplatníky a Staroměstští musili je často zakládati. Tak úkol stavovského berničného úřadu měl pro Staroměstské více stránek černých než světlých a proto se ho několikráte v této době, na př. r. 1595, pokoušeli zbaviti, ale marně

V každém král. městě a také v St. městě pražském už od dřívějška berní správu organisovali dva konšelé, kteří pro jednotlivé druhy sbírek, zejména šlo-li o sbírky z prodejů, ustanovovali výběrčí, od nichž potom peníze přijímali a sami účtovali. V Praze měli k ruce berního písaře. Instrukci městským výběrčím vydávala Česká kancelář, kde také skládali přísahu králi a zemi. Pražští výběrčí-konšelé měli od r. 1593 ustanoven plat jeden tolar týdně, jejich písař za celý rok 20 kop míš. [AMV. St. manip. S 15/1 fol. 186, 191; Archiv hl. města Prahy: Rkp. 324, fol. 267 a SČ. VIII.].

Postranní práva v Praze měla své vlastní výběrčí. Ačkoliv sebranou berni neodváděla purkmistrům, nýbrž své vlastní vrchnosti, byla přece pod kontrolou král. měst. Zejména bděla nad nimi Česká komora. Tak hned r. 1593 v prosinci upozorňovala hejtmana Pražského hradu Humprechta Černína, že na jeho postranní právo u sv. Jana v Oboře osedlí i cizinci tajně dovážejí víno, aby nemuseli platiti sbírek. Sjednati tomu přítrž jest prý jeho povinností a nemá-li prý jmenovány výběrčí této sbírky, nechť tak hned učiní [AMV. St. manip. S 15/7 fol. 14].

Jestliže měli nejvyšší úředníci nebo nejvyšší berníci korespondovati s berničným úřadem třetího stavu na Staroměstské radnici, obraceli se na staroměstskou radu. Tak na př. 4. března 1597 přikázali jí vybrati bez prodlení sbírky svolené sněmem r. 1596, sedmého října 1597 zase za oba termíny r. 1597 [SČ. IX.]. Jménem purkmistra a rady Staroměstské bylo také r. 1607 odesláno České komoře "Poznamenání měst, za nimiž reštantuov do několika tisíc berní a sbírek, sněmem roku minulého 1606 svolených, pozůstává." Tedy rejstřík, jejž mohl vypracovati jedině stavovský měšťanský berničný úřad [AMV. St. manip. S 15/15].

Také venkovská královská města, obracejíce se na svůj stavovský berničný úřad, adresovala své žádosti a stížnosti staroměstské radě: tak Rakovničtí 23. května a 28. října 1595, Budějovičtí 26. července 1599 [SČ. IX.]. Ačkoliv berní agendou třetího stavu býval pověřen pouze primas, nebo některý z konšelů staroměstských, lze přece po právu považovati za stavovského berníka král. měst celou radu Starého města Pražského.

Rozsah její pravomoci odpovídal nepochybně rozsahu pravomoci krajských berníků. Odvozuji to z výše citovaného dopisu Budějovických, v němž se omlouvají radě St. m. pražského, že nemohou platiti bartolomějský berní termín, neboť prý již po šest neděl leží u nich tisíc rejtarů pluku páně Thurnova, kteří tam veliké škody činí. A mimo to mají se prý starati ještě o 82 pohořelé. Doufají proto, že na ně obranními listy nenastoupí.

Ustanovení presidenta České komory Stepána Jiřího ze Šternberka zeměpánovým členem nejv. úřadu berničného přinášelo králi značný prospěch, zejména vzhledem k jeho pravomoci nad král. městy. Tak r. 1601 dozvídáme se o jeho návštěvě u městské rady staroměstské, aby ji přiměl k ráznějšímu nátlaku na berní dlužníky. Purkmistr a konšelé psali totiž 9. ledna 1601 Trutnovským a jiným král. Městům [SČ. X], že 28. prosince m. r. dostavil se k nim na poručení královské pan president komory a nařídil, aby veškeré sbírky svolené sněmem r. 1600 do dvou neděl vyupomínali, nepřijímajíce žádných omluv a liknavá města aby "podali" na komoru Českou, "aby k nim s trestáním přikročeno býti mohlo". Trutnovští měli to uvážiti a zadrželé sbírky beze všech průtahů s jistými osobami zaslati do Prahy. Litoměřičtí se tak přísně stylisované upomínky zalekli a prosili za popřání krátké lhůty, slibujíce, že od sousedův svých i s "přinucováním a vězením" týž termín vyberou a ihned odešlou [SČ. X.]. Berni svých poddaných a sbírku defensní odeslali pro jistotu hned současně.

Sbírky z prodejů, jichž výnos v zemi byl odhadován r. 1592 asi na 65 tisíc tolarů ročně, byly kol r. 1600 zase na ústupu. Česká komora pátrala po příčinách, jež ležely patrně jednak v přílišném zatížení obyvatelstva ostatními sbírkami, jednak v mnohaleté praksi, která naučila poplatníky, kterak se jim vyhýbati. Městské rady připadaly na různý způsob výkladu, jenž měl tuto skutečnost právě zatemniti. Tak staroměstská rada pražská vysvětlovala pokles výnosu sbírky z rozličných prodejů s 3930 kop míš. r. 1596 na 1808 kop r. 1598 a pokles sbírky z komínů s 1185 m. kopu na 381 kop morem, jenž se však objevil až na podzim r. 1599 [SČ. X.]. Když potom naopak za moru r. 1599 sbírky zase stouply, vysvětlovala to vybráním nedoplatků.

Staroměstská rada městská uplatňovala se v úřadě berníka třetího stavu po celou dobu turecké války a ještě několik let po ní. Zánik defensních sbírek r. 1607 pravomoc její ovšem částečně pozměnil.