Ministerstvo vnitra bylo upozorněno na incident ve Skochovicích ministerstvem zemědělství, které vyslovilo podezření, že se jednalo o akt politického teroru. Podobné hlasy se vyskytly i v denním tisku a ministerstvo pokládalo za svou povinnost, aby případ byl řádně přešetřen odbornými orgány. Za tím účelem byl dne 4. ledna 1947 dán příkaz oblastní úřadovně státní bezpečnosti v Jičíně, aby případ ihned vyšetřila a výsledek oznámila ministerstvu vnitra do 6. ledna.

Tři příslušníci oblastní úřadovny Stb v Jičíně, kteří za tím účelem odjeli 5. ledna časně z rána do Skochovic, byli cestou zdrženi několika defekty pneumatik a dojeli na místo až v poledních hodinách. Tím bylo částečně způsobeno, že vyšetřování se protáhlo až do noci. Další průtahy byly způsobeny tím, že všichni svědkové incidentu popřeli, že Václav Schovánek byl napaden a ztýrán, a že k odstranění rozporů bylo nutno přikročit dodatečně ke konfrontaci mezi předsedou JSČZ V. Schovánkem a ostatními vyslýchanými.

Vyšetřování se dálo korektně podle platných předpisů a za přítomnosti předsedy MNV ve Skochovicích Václava Třmínka. Jak bylo již shora uvedeno, nemělo kladného výsledku, poněvadž, vzhledem k časovému odstupu od incidentu, účastníci měli možnost aby se předem domluvili a i při konfrontaci s V. Schovánkem trvali na tom, že jmenovaný v hostinci ztýrán nebyl a že neví, kde si zranění způsobil.

Celkový náklad spojený s vyšetřováním ve Skochovících obnášel Kčs 549.- a byl uhrazen z paušálu oblastní úřadovny státní bezpečnosti v Jičíně.