Správou berně pověřovaly sněmy trojici nejvyšších berníků, po jednom z každého stavu, volenou s počátku na jediný rok. Jestliže byla později berně svolována na několik roků současně, bývala jedna trojice zvolena pro všechna příslušná léta. V osmdesátých a devadesátých letech volíval sněm jednoho berníka i několikráte za sebou, což posilovalo kontinuitu a organisaci nejvyššího berničného úřadu. Od r. 1556 nebyla nejv. berníkům vydána zvláštní instrukce, mimo pokyny obsažené v sněmovních artykulech.

Nižším berním orgánem byly v král. městech městské rady a na panstvích patrimonijní kanceláře. Krajských berníků nebylo, za to však krajští hejtmane - jak jsme právě viděli - sami nebo jindy s komisí z krajských stavů byli pověřováni kontrolou kontribuentů, resp. stavovských fatentů. Od r. 1576, kdy povolena byla král. městům reluice domovní berně s právem rozvrhnouti ji spravedlivě mezi města dle jejich hospodářské síly a nikoliv jen dle počtu domů, existoval na Staroměstské radnici zvláštní berničný úřad stavu městského.

Nejvyšší berníci, ačkoliv byli stavovskými hodnostáři, byli za svoji práci placeni na účet berně a proto mohli, aspoň znenáhla, býti přidržováni k určitým úředním úkolům i kancelářským povinnostem, jak ještě ukáži. Plat jejich kolísal podle různého hodnocení, jež jejich úkolům sněm přikládal, a ke konci období, vletech devadesátých, obrážel se v něm již nepochybně také prudký pokles kupní síly peněz, jenž v poslední třetině XVI. st. u nás nastal. V českých kopách vyjádřen, činil podle stavovské příslušnosti berníků ročně: